59 号文第六条第 (二) 项第 2 目规定， 收购企业取得被收购企业股权的计 税基础， 以被收购股权的原有计税基础确定。 当 59 号文始一面世， 该规定就引 起了广泛的讨论和争议。 主要存在如下两种观点：
观点一： 反对的观点。 该观点认为， 收购企业取得被收购企业股权的计税 基础应当以公允市场价值确定， 或者说以收购企业支付的对价确定。 否则， 如 果在交易完成后， 被收购企业的原股东以及收购公司同时向第三方转让持有的股权时， 将带来重复征税。
观点二： 赞同的观点。 该观点认为， 基于计税基础连续理论， 由于在交易 中任何当事方都没有确认任何收益或损失， 因此所有的股权的计税基础都应当 保留原值而不应改变， 待以后处置这些股权时才予以确认收益或损失， 并且认 为观点一中提出的重复征税并不存在。 笔者赞同观点二。
笔者认为， 造成观点一中所述的重复征税 “假象” 的真 正原因在于如下几点：
1. 对资产计税基础连续理论的错误理解。 计税基础连续理论是一个一般性 的理论， 它既适用于一般性税务处理， 也同时适用于特殊性税务处理。 其核心 在于： 如果资产上内含的增值 (或贬值) 已经真正实现并在税法上予以确认的 话， 则资产的计税基础应当相应调增 (贬值一般不确认， 在处置时可一并收 回)， 以避免以后处置该资产时的重复征税。 因为在特殊税务处理中， 被收购公 司股东并没有确认其在原股权资产上的内含增值， 因此收购公司取得该股权资 产后的计税基础并不能做出调整， 只能以被收购股权原计税基础确定 (在应税 重组中， 以 “被收购股权原计税基础 ＋ 被收购公司股东确认的收益” 或者交易 的公允对价确定)；
2. 一般性税务处理和特殊性税务处理的核心区别在于纳税时点的向后递 延， 而不是税负金额的变化 (如果不考虑货币时间价值的话)。 但需要注意的 是， 这是站在该重组交易角度并建立在被重组的目标资产基础之上。 即是说， 两种方式对比税负金额是否发生变化， 或仅是纳税时点的变化时， 目标资产 “脱离” 该重组交易的重组当事方实际控制时， 或者目标公司原股东或目标资产 的原所有人处置保持其权益连续的股权资产时 (“脱离” 对原目标资产的间接权 益连续或间接控制时)， 即为对比之时点。 这两个 “脱离” 的任何一个发生， 则 原重组交易的目标资产内含的增值就已经实现， 对比就应该开始；
3. 从公司所得税原理上考虑， 公司和公司的股东作为两个独立的纳税主体 带来了公司层面和股东层面的双重征税， 这也是公司清算分配所得税处理有两 层税收的理论来源。 笔者认为这是造成重复征税 “假象” 的最根本的原因。
譬 如， 为简化， 目标公司 T 公司仅持有一项资产公允价值 100 万元， 计税基础为 50 万元。 其股东 HT 持有的 T 公司股权的计税基础为 30 万元， 股权公允价值为 100 万元。 在不存在任何重组交易的情况下， 如果 T 公司出售该资产和 HT 同时 出售其持有的股权， 我们可以发现， T 公司层面会产生 50 万元的应税所得， HT 层面产生 70 万元的应税所得。 显然， 这样的双重征税的出现的根本原因在于公司制 (或者虚拟股权资产) 本身带来的双重征税。 在股权收购免税重组中， 存 在类似的逻辑， 当重组完成后， 收购公司出售其持有的目标公司股权和目标公 司原股东出售其持有的收购公司股权同时发生时， 我们可以发现， 正是基于不 同的资产 (其中目标公司原股东持有的收购公司股权属于基于同一基础资产而 新虚拟的资产) 产生了两次应税所得， 与不发生重组交易并没有任何的变化。
所以， 其实这就是一个公司所得税制引发双重征税在重组中产生的 “伪” 命题， 但这并不是 59 号文有关计税基础确定规则的 “错”！ 同时， 站在股东最终利益角度， 公司清算分配时， 应当处置资产并计算清 算所得， 缴纳清算所得税， 向股东分配剩余财产时， 股东应当计算股权转让收 益并缴纳所得税。 存在重复征税的假象正是将以后公司层面处置资产的确认收 益和缴纳税收混淆到公司重组的一般性税务处理和特殊性税务处理比较中， 从 这个意思上看， 在整体上的税负是不变的。 本部分通过免税股权收购重组分析了有关收购公司取得目标公司股权的计 税基础确定规则 (计税基础转移规则) 理论， 类似的原理同样适用于资产收购、 合并、 分立等， 在此不再赘述。
